Régészeti ásatások igazolják, hogy már hat évezreddel ezelőtt emberlakta település működött a város mai helyén, ezt követően minden történelmi korszakban éltek emberek e vidéken. Birtokba vette a honfoglaló magyarság is. Az államalapítás után a terület Újvár megye része lett. Az első írásos dokumentum 1219-ből származóan az újvári ispán Lőrinc nevű poroszlójának birtokaként említi. Az írásbeliség szűk köre, az igen gyakori birtoklási cserék s a gondos egyházi történetírás hiányában a város múltjáról szóló feljegyzések hézagosak, de fő vonalaiban körvonalazzák történetét. A XIV. században Encs a Torna váruradalom része. A következő században már Zsigmond király, majd az ő adományozása folytán Edzegei Besenyő Pál, később Berencsi Sáfár István, utána Szapolyai István a település birtokosa. Ebben a gyorsan változó korban épült meg a falu első temploma. A történelem viharai a tatárjárás, a török hódítás, a Habsburg hatalom ellen vívott harcok a városon is végigsöpörtek. A Kassa felé vezető hadiút veszélyei elöl a környező mocsarakba, mocsári erdőkbe menekült a maradék népesség, de mindig hűségesen visszatért a lakóhelyére.
   A XVI. század közepétől a reformátusok uralták a falut, vele együtt templomát. Az önvédelmi berendezkedés bizonyítéka a templom erődítménnyé, a főúri lakhelyek várkastéllyá alakítása. A mostani "laposon" még fellelhető a régi várkastély néhány nyoma. 1672-ből származó írásos dokumentum alapján ismert a Lator-kerttel, vizesárokkal, tapasztott palánkkal körülvett erődítmény egykori képe. Ugyancsak ismert, hogy a hozzá tartozó vízimalmot a Wesselényi-féle összeesküvésben játszott szerepe miatt a király elkoboztatta. Az encsi várkastély hadi jelentősége a XVII. század végére lassacskán elenyészett. A Rákóczi-szabdságharcban a kurucok oldalán harcoló Encset jó néhány környékbeli településsel együtt az átvonuló németek 1706-ban bosszúból felégették. A XVIII.
   század az újjáépítés és a katolikus hatás újjáébredésének időszaka. A falu birtokosa új katolikus telepeseket hoz Encsre. 1773-ban templomát renoválták, egy évtized múltán pedig Gróf Keglewich Károly: Szent József tiszteletére felépítette a ma is álló katolikus templomot. Ennek folytán jelentős katolikus centrumként funkcionált a település. Ebből az időből maradt fenn a II. József-kori magyarázatos katonai felmérés, valamint Encs első urbáriuma. Az 1848-49-es forradalom és szabadságharc nem befolyásolta alapvetően a vidék életét. Bár a hadak többször is végigvonultak itt, a község nem vált harcok színhelyévé. Sorsdöntő fellendülést az 1860-ban megnyitott Tisza-vidéki vasút hozott. Encs és Forró közös állomást kapott.
   A Hernád völgyének települései számára a fejlődés útja nyílt meg, 1880-ban postahivatal és távíró állomás, a század utolsó éveiben takarékpénztár létesült. Míg a környék többi települése stagnált, Encs lakossága 1890-ben csaknem 1000 fő. Az országos könyvtári akció keretében gazdasági népkönyvtárat kapott a falu. A világháború előtt már kereskedelmi körzetközpont. A trianoni békeszerződés alapján kettészakított Abaúj itthoni kisebb részének közigazgatási központjává kezd fejlődni. 1930-ban 1617 lakosával Abaúj ötödik legnépesebb településévé lépett elő. Kassa ideiglenes magyar fennhatóság alá kerüléséig, 1939-ig járási székhely. 1920-ban bevezették a villanyt, majd portalanított utakat építettek. A 30-as években megindult az autóbusz-közlekedés Forró és Krasznokvajda irányába. Új emeletes iskola épült, mint járási székhely gyógyszertárat kapott a falu.
   Volt járási és helyi orvosa, állatorvosa, szülésznője. Itt székelt a járási csendőrkapitányság. A fejlődést segítette a telefonvonal; megtöbbszörözodött a kereskedők és iparosok száma, kialakult némi értelmiségi réteg, mozi is működött. Encs számottevő, ám országos összehasonlításban meglehetősen elmaradott maradt. Csupán a közigazgatás kényszerű változásai, kedvező földrajzi helyzete jelölték központi szerepre.